メダカの飼い方が詳しく書かれたサイトがあります。『メダカといっしょに』です！メダカは生命力が強い魚ですので、少々の悪環境ではへこたれません。寿命は飼育下では１～２年もあり、自然下での寿命と大きく離れます。しかし、病気にかかりやすく、それが元で死に至ることもあり、また複数飼っていると大量死の原因になったりもします。メダカが死んでしまうことは多くの場合、飼育管理者による不注意である場合がほとんどです。飼育している水の悪化による衰弱からの病気が圧倒的に多く、圧死や傷つけてしまうなどの水換え、移動時に起きる物理的な傷害が続きます。
本来、メダカは生命力が強いとしましたが、日本の自然界では、水田や用水路整備のため、遡上をさえぎられ、用水路、水田を行き来しながらの生活を行っていたメダカにとって、産卵場所である水草の繁殖地がなくなる、または水草の繁殖地までたどり着けなくなってきたため、現在では激減しており、環境省レッドリストに絶滅危惧２類の指定を受けています。絶滅危惧２類の指定を受けましたが、環境省の具体的なメダカ保護の政策は採られておらず、静観されています。そこで民間の間で、メダカを繁殖させ、放流するといった策がとられています。現在日本の自然に生息するメダカは遺伝的におおよそ10種に分類できるといわれていますが、放流する水域に、違う水域の違う遺伝子を持つメダカを放流することで、違う水域同士のメダカが交雑し、メダカ水域独自の遺伝子が撹乱され、日本のメダカ全体の危機に繋がっていることこそが、絶滅へ加速させる要因であると専門家の間でいわれています。（参照 - めだかについて）
また、一番目にするメダカはヒメダカといって、江戸時代、黒い色素がないメダカを人工的に増やしていった種類で、本来、日本の自然に生息するメダカとは違います。ヒメダカとはいわるゆ遺伝子操作を受けたに等しい、手が加えられたメダカの種類なのです。本来の日本のメダカは、今ではクロメダカとよばれ、あまり美しくない色をしています。全体的にグレーで、自然での保護色としてこのような色になってきました。ある、浄化槽メーカーでは、水質の悪化の実験の目安として、クロメダカを使用し、ヒメダカはクロメダカに比べ悪環境に弱い、すなわちヒメダカよりもクロメダカのほうが悪環境に強いと経験上感じているようです。メダカの種類は、クロメダカを除いて、ほとんどが人工的に手が加えられたメダカで、ペットショップなどで売られている代表的なメダカに白メダカがいます。これは、ヒメダカからさらに色素が無くなったメダカを人工的に繁殖させたもので、白メダカは、クロメダカに比べ弱いことがわかっています。生物では、白は先天的に異常のあるものとして弱い体質をもちます。目が赤いアルビノが先天的遺伝子異常にあたることはご存知の通りです。また、赤い色やオレンジの色、発光クラゲの遺伝子を組み込んだメダカまで作出され、人工的にさまざまな種類が作り出されています。
さらに、病気を駆逐する意味で、蚊の幼虫であるボウフラを食べる魚として移殖された『カダヤシ』がメダカの敵として現在では多くの水系でメダカに取って代わっています。岸や橋の上から見た場合、見た目はほぼ同じで、見分け方を知らない人が見ると、この川にもまだメダカが住んでいると勘違いする場合も多いと聞きます。カダヤシは、日本のメダカと違って、産卵に水草の繁殖場所を必要としないため、日本の現状である、メダカにとっての繁殖場所の激減という問題には抵触せず、しかし、好む環境は一緒で、水の流れのゆるいところを好み、悪環境に強く、メダカの卵を食べてしまうため天敵とも呼べる存在となっています。ボウフラを食べるからと移殖されたカダヤシですが、実際には日本の民家近くに住むイエカのボウフラは食べるけれども、やぶ蚊のボウフラは好んで食べないようです。
メダカの産卵には、水草が必要です。メダカは卵を産みますが、産んですぐはおなかにぶら下がっています。ぶら下がった卵を水草や浮き草の根に擦り付けて付着させ、付着した水草や浮き草の根で卵から孵ります。おなかについたままの卵は、他のメダカや、自分たちで食べてしまうので、卵が孵るには水草や浮き草の根に付着させる必要があるわけです。しかし、メダカを室内飼育していると、専用の設備が無い限り、水草は光不足によって枯れていってしまいます。そのため、水草に付着させることができず、人の手によっておなかから取り除いたり、落ちた卵を人工的に孵してあげないといけません。また、屋内飼育では、水容積が少ないため、産まれた卵は親メダカにすぐに発見され食べられてしまう場合が多いです。この２重の理由から、飼育下ではメダカが卵を産んだらすぐにでも別の容器へ移してあげることが必要となりますが、卵は、常に水流のある場所で無いと、水生菌に侵され腐ってしまいます。そのため、メダカの卵を孵す場合は水道水を使って頻繁に水を換えてやり、水が常に緩く吹き付けるようにするか、全体を攪拌しておかないといけません。
孵ったメダカの稚魚は、しばらく自身のおなかにある栄養で育ち、やがて、餌を食べるようになります。メダカの餌をさらに小さく細かく砕いてやることで、餌になります。小さい間は、大きな親メダカと一緒に飼っていると親メダカに食べられてしまいます。大きくなってくると、卵を産む成魚になります。成魚の飼い方は、水さえ気をつけていれば簡単で、１日２回、３分くらいで食べきる量を与えます。また、死んだメダカのおなかも好物として生きているメダカがついばんで食べてしまいます。
（引用・参照 - メダカといっしょに）