代々は福岡士族。農学者の塚本道遠・家庭教育者のハマ(共に同墓)の三男として東京に生まれた。
兄で長男の塚本玄門(同墓)は満州の奉天工業大学等で教えた教育者。二男の塚本赳夫(同墓)は漢方学者。
静岡高校を経て、1931(S6)東京帝国大学医学部卒業。直ちに医学部副手として同附属病院稲田内科、坂口内科に勤務、'34財団法人癌研究会附属康楽病院放射線科員兼内科員、'41同放射線科主任、'46同放射線科部長。
'47学位を受け、'51サンパウロにおける世界癌学会に出席、欧米各国における放射線癌治療を視察した。
この間、日本医学放射線学会評議員、同理事、財団法人癌研究会評議員、日本癌学会評議員等を歴任。
'58樋口助弘(26-1-29)の逝去により空席となっていた科学技術庁放射線医学総合研究所長に就任。'70第4代国立がんセンター総長。
ガンの放射線治療の世界的な権威であり、ガン征圧に果敢に立ち向かう“臨床の鬼”とも呼ばれた。
ガン宣告の是非、医のモラルとガンなど、ガンに関する様々な重大な社会的問題に取り組み、国際的に癌の研究・治療に貢献した。
しかし、自らが癌で死去。享年69歳。主のな著書に、1959『放射線医学最近の進歩』(共著)、1962『死の灰』。
長女の塚本ルリ子(同墓)はピアニストであり、婿養子となった塚本哲也はノンフィクション作家である。
その塚本哲也は'86『ガンと戦った昭和史 塚本憲甫と医師たち』(上下)を刊行し、第8回講談社ノンフィクション賞を受賞した。