東京市神田区元柳原町（東京都千代田区神田須田町）出身。刀剣商を営む徳田徳兵衛、信子の長男として生まれる。母がクリスチャンであったことから12歳の時に築地新栄教会にて洗礼を受けた。
1894年(M27)東京高等商業学校卒業後、神戸商業学校の教諭として赴任したが一年で辞して、母校の高等商業学校研究科に入学。卒業後は母校講師を経て、1897から3年間ドイツのライプツィヒ大学やミュンヘン大学に留学。ビューヒャーやルヨ・プレンターノに師事。1900 博士論文「Die Entwicklung der Wirtschaftseinheit in Japan」により博士号(国家財政学)を取得。同年「Die gesellschaftliche und wirtschaftliche Entwicklung in Japan」として刊行。同書は坂西由蔵によって『日本経済史論』(1907)として翻訳され、日本における経済史研究の嚆矢として高い評価を受けた。
帰国後は母校の教授に就任。社会政策学派の一人として経済理論や経済史を日本に導入した。また「資本論」を日本に紹介した人物ともいわれる。加えて「キャプテンズ・オブ・インダストリー」育成の必要性を訴え、大学への昇格運動を行った。
'02.7.11 内閣の命を受け朝鮮出張し、同.9.29 帰朝。翌年 近代的な経済史学の方法論によって韓国の経済史に関する最初の学術論文『韓国の経済組織と経済単位』を発表。朝鮮の封建制度欠如説による植民史観を初めて唱えたものであるが、日本の侵略を正当化したものと現代の韓国研究者から指弾されている。'03.4.13 前年の青森の大飢饉の原因を考察するため現地に赴き、飢饉の原因を「農村に貨幣経済が浸透しておらず、農家が営利的な精神を持たないからだ」と結論付けている。他に社会政策学会の活動も始め、『国民経済原論』を著した。この頃、門下の左右田喜一郎(6-1-13-18)や上田貞次郎(19-1-10-3)らを育てる。
'04 校長の松﨑蔵之助との対立により休職処分を受け、百二十円の月給が三分の一の四十円に減じたため住居を転々とすることになる。'05 休職中に美濃部達吉(25-1-24-2)の推薦により東京帝国大学法科大学に論文を提出して法学博士を受けた。この時期は金欠であったため左右田喜一郎の厚意により小田原の別邸に住むわせてもらう。外務省の翻訳の仕事を行うなどしていたが、秋に慶應義塾教員になったことで上京。'06.4.1 慶応義塾大学部政治科、理財科教授となる。小泉信三(3-1-17-3)、高橋誠一郎らを育てた。同.8.1 休職期間が満期となり高等商業学校を退官。
'10 東京高等商業学校講師を嘱託される。'11.2 一橋経済学会を設立。同月、マーシャル『経済学原理』の講義内容について堀切善兵衛との対立が深刻化し慶應義塾を退職。'12.3 慶應義塾復職。'18(T7)左右田喜一郎や三浦新一らの斡旋で東京高等商業学校教授に復帰することになり、慶應義塾を辞した。二年後、大学昇格に伴い東京商科大学の教授に就任。'22 帝国学士院会員。
この間、'18 吉野作造(8-1-13-18)らと黎明会 (れいめいかい) を組織、急進的雑誌「解放」の編集に従事。民本主義運動の指導者・自由主義者として多くの論説を発表した。経済理論・経済史・社会政策・労働問題の研究に評価を得た。'19〜'25 高畠素之(4-1-31-23)らとマルクス『資本論』日本初の全訳に成功した。社会政策学会にも属し活動。日本における福祉国家論の先駆者ともされる。
'23 内務省社会局参与に就任。同年の関東大震災直後に自ら学生達を引き連れ、失業率の調査を1万324世帯(約3万6000人) 対象に8日間かけて行い、その結果を基に東京全体の失業率を推計し、国や東京市に対し復職のきめ細やかな支援の必要を訴えた。
明治・大正・昭和の三時代にまたがり、日本経済学を生み出し、それを実践し、後進の学者の養成に骨身を惜しまない活躍をした。明治期に『日本経済史論』、大正期に『国民経済講話』、昭和期に『厚生経済研究』を発表し、それぞれの時代に通じるものであるが、どれも古典経済学派的立場で書かれている。初期はドイツ歴史学派、中・後期はマルクス学説が色濃く出ている。どの作品も古典的な立場の再認識といえる。研究の集大成として出版された『厚生経済研究』は経済学を研究する者のバイブルとされた。門下生も多く輩出した。近代日本経済学の開拓者、日本経済学の父と称される。
'28(S3)黒田清輝に次ぎ日本人として二人目のフランス学士院文科部外国会員、レジオンドヌール勲章受章。'30.1.8 糖尿病のため慶応病院に入院していたが、盲腸炎をおこし逝去。享年55歳。東京商科大学講堂にて大学葬が行われた。没後、蔵書44,841冊は大阪商科大学（大阪市立大学）に「福田文庫」として収蔵された。
