ストーリー漫画の先駆者である岡本一平(同墓)を父とし、小説家の岡本かの子(同墓)を母として、かの子の実家である神奈川県高津区(現・川崎市)にて生まれる。
東京青山にて育つ。風刺・風俗漫画家の池部均の妻は岡本一平の妹のため、その息子である俳優の池部良は従兄弟。
東京美術学校洋画科(東京芸大)を半年で中退し、1929(S14)父のロンドン軍縮会議取材に伴い、両親と共に渡欧し、そのまま単身パリのソルボンヌ大学哲学科に留学した。
ピカソに影響されるが、シュルレアリスムに関わったことでそちらに傾斜した。
パリには11年間滞在したが、'40ドイツ軍のフランス侵攻を受け帰国。帰国後、二科会に参加。
'42〜'45陸軍二等兵として召集され中国に出征。'47平野(岡本)敏子(同墓)と出会う。敏子は後に養女となった。
'48阿部公房、花田清輝、埴谷雄高らと「夜の会」を結成。'52東京国立博物館にて見た、縄文土器の強烈な表現に不思議なモノを感じ、また沖縄の魅力にも影響を受けた。
アヴァンギャルド芸術、対極主義を主張し、『夜明け』『重工業』『森の掟』等の問題作を次々に発表。以後、他国で個展を開くようになる。
'54現代芸術研究所を設立し、『今日の芸術』刊行。'56旧東京都庁舎に『日の壁』『月の壁』など11の陶板レリーフを制作。
'61二科会を脱退。'67日本万国博のテーマ展示プロデューサーになり『太陽の塔』を制作('70大阪万国博覧会)。
他に、『こどもの樹』『母の塔(原作)』『座る事を拒否する椅子』など、平面・立体作品を数多く残し、文筆活動も精力的に行った。
近鉄バファローズ(現:オリックスバファローズ)の“猛牛マーク”を制作したことはあまり知られていない。
後年はTVなどメディアへの露出も多く、「芸術は爆発だ」のCMで庶民的にも知名度は高い。
'96「君は画家になりなさい」という手紙を送ったことが、画伯ジミー大西を誕生させるきっかけとなった。
80歳頃からパーキンソン病を患い、急性呼吸不全のため慶応義塾大学病院にて逝去。享年84歳。
没後、1998(H10)に青山の住居・アトリエ跡を岡本太郎記念館として開館。翌年に川崎市の生田緑地内に岡本太郎美術館が開館した。