肥後国（熊本県出身）。熊本藩士の横井久右衛門 時教の4男として生まれる。父は儒学者の横井小楠の高弟。幼名は豊彦。
熊本洋学校に学び、上京し、1878(M11)東京大学農学部の前身の東京駒場農学校農業本科を首席で卒業した。1880 更に同校の農学科を卒業。農業化学科に再入学したが、翌年退学して神戸市師範学校嘱託、植物園長兼務を経て、1882 公立農業学校の一つ、福岡県立農学校の教諭となる。ここで種籾（たねもみ）の塩水選種法を考案し発表した。これは種籾を苗床にまく前に、塩水にひたして水に沈む健全な種子と不稔種子を分別する方法のことである。福岡県立農学校は、1887 廃校となり、同校で講義したことをまとめた『農業小学』や『稲作改良法』を刊行。
1890 農商務大臣の井上馨に抜擢され農商務省農務局第一課長となり、農学会の幹事長に就任した。1891『重要作物塩水選種法』を著し、種籾の塩水選を公にも発表した。1893 帝国大学農科大学講師を経て、1894 帝国大学農科大学教授に就任。
1898(M31) 伝統農法の再評価と西洋農法の適用を説いた名著とされる『栽培汎論』を著す。この本の中で種を育成する目的など日本の育種学の定義をした。その後も、1899 農学博士、ドイツ留学、1900 東京帝国大学教授。1901『農業経済学』、1904『農学大全』を著した。
1907 私立東京農学校を大日本農会へ経営委託し、大日本農会附属東京高等農学校の校長に就任。その後、徳川育英会が経営し、評議員として参加していた私立東京農学校が経営難に陥ったことから、学校経営を榎本武揚から委託され、1911 東京農業大学の初代学長に就任した。またジュネーブ国際労働会議に政府代表委員顧問にもなった。
明治30年代から農政理論家として活躍、資本主義と農業を対立的にとらえ、農業防衛の〈武士道〉の継承者を地主にみる農本主義を説き、また社会主義に反発し、農民教育に努力した。
'22(T11)東京帝国大学教授を辞して名誉教授。'25 東京農業大学学長として日本最初の私立農学校を大学に昇格させるなど、農業教育の発展に尽力した。
時代の当面する様々な問題を学問的裏付けに基づいて論じ「農学栄えて農業滅ぶ」「稲のことは稲に聞け、農業のことは農民に聞け」「一国の元気は中産階級にあり」「土に立つ者は倒れず、土に活きる者は飢えず、土を護る者は滅びず」という名言格言を残し、「近代農学の祖」と称された。
'27(S2)東京農業大学学長在任のまま逝去。正3位 従3位 勲1等。享年67歳。
＜コンサイス日本人名事典＞
＜朝日日本歴史人物事典＞
＜小学館 日本大百科全書＞
＜平凡社 世界大百科事典＞
＜人事興信録など＞
＊正面墓石「横井家之墓」、裏面「昭和三年七月建之」。墓石左側に墓誌が建つ。墓誌は横井時敬の刻みから始まり「正三位 勲一等 農学博士」と刻む。妻は清子(-S4.8.9・享年64)。孫(利直の長女)の和泉(享年5)、時彦の次男の時康(享年3)、陸軍上等兵で戦死した横井孝之、時敬の長男の横井時彦(-S22.9.13・享年57)、さゆき(享年当)、時敬の次男の横井利直（時次）、利直の妻の友詩枝(-H16.7.30)が並んで刻む。下の段には時彦の妻の はな(-S54.9.23・享年77）のみ刻む。横井利直には「正四位 勲三等 農学博士」と刻み、（時次）も刻む。墓石右側に利直の長女の横井和泉(和光院知泉童女)を祀った地蔵が建つ。
＊墓石左手前に五輪塔が建ち、正面「横井家先祖之墓」、裏面「平成十一年秋彼岸吉日 横井友詩枝 建之」。左に「横井家先祖霊名碑」と刻む墓誌も建つ。この墓誌には横井時敬、横井清子、利直の長女の横井和泉、横井利直（時次）、横井友詩枝の5名の戒名、没年月日、俗名が刻む。横井時敬の戒名は大覚院殿高誉時敬大居士。清子(S4.8.9寂）の戒名は大光院殿明誉敬室清大姉。和泉(S10.3.2寂）の戒名は和光院知泉童女。利直（時次）の戒名は大慈院顕誉利徳直道居士。友詩枝(H16.7.30寂)の戒名は瑞光院友誉詩仙明枝大姉。
＊入口外柵の右側裏に「昭和三年 横井家建之」、左側裏に「平成三年 東京農大百周年 改修」と刻む。
＊横井時敬と清子の間には2男2女。長男は時彦、二男は時次（利直）。長女の富子は前田松韻に嫁ぐ。二女の敬子は富沢友晴に嫁ぐ。横井時彦の子に時之、時康、時燁。時彦の三男の横井時燁は東京農業大学教授。横井時次こと横井利直は農学博士、土壌学の権威。利直の妻の横井友詩枝は「農の生け花」創案者。
第４６８回 稲のことは稲に聞け 近代農学の祖 横井時敬 横井利直 お墓ツアー
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