高知県香美郡日章村田村出身。漢方医学者の大塚敬節・福栄(共に同墓)の長男として生まれる。大塚家は代々医家で、初代は希斎、二代は恭斎、三代は恵廸、四代は敬節で、自身は五代目にあたる(全員同墓に眠る)。
生まれた翌年に一家で上京(敬節は前年に上京)。旧制第一高等学校を経て、1955(S30)東京大学医学部を卒業し、附属病院の内科に勤務(日立製作所病院に派遣)。'58同大学院にて薬理学を専攻。'62博士課程終了し医学博士。この間、'60泰子と結婚(二女を儲けた)。
'62〜'66西ドイツやオーストリアに留学して東洋医学の研究に取り組む。帰国後、東京大学薬理学教室に勤務。また横浜市立大学で薬理学の講師を経て、'75北里研究所附属東洋医学総合研究所に入所(非常勤)。
'76より常勤となり、北里研究所部長。その後、東医研臨床研究部長、北里研究所社員、北里大学客員教授、東医研基礎研究部長などを歴任し、'82東医研副所長に就任。'84北里研究所理事。
'86矢数道明の後を継ぎ、三代目東医研所長に就任(初代は父の敬節)。10年間所長として後進を育て、研究所の拡充に尽力した。'93(H5)北里研究所副所長を兼務。その他、日本東洋医学会会長、日本医史学会会長、東亜医学協会理事なども務めた。
'96(H8)所長を辞し北里東医研名誉所長となる。その後は、漢方外来を週一回担当(〜2001)しながら、父が創業した修琴堂大塚医院を再開業し、診療に従事した。著書に『東洋医学入門』『東西生薬考』『漢方と薬のはなし』『医学史こぼれ話』『東洋医学』『東洋医学の世界』などがある。享年79歳。