爬虫類は両生類と混同されがちですが、一目でわかる特徴として皮膚の違いがあげられます。カエルやサンショウウオなどの両生類の皮膚は裸で、表面を湿らせておくための腺をたくさんもっています。これに対して、カメやヘビなどの爬虫類の皮膚は、表面の角質層が変化してできた鱗に覆われ、乾燥に耐えられるようになっています。これは、カメも例外ではありません。陸上に生息地を広げてきたカメは、体を鱗で覆うことによって、体内の水分の蒸発を防いできました。

爬虫類は鳥類、哺乳類とともに有羊膜類と呼ばれます。これらの動物では、胚は羊膜という袋の中で羊水という水環境に囲まれ、さらに鳥類と爬虫類では、その外側を丈夫な殻に包まれて産みだされます。そのため爬虫類は両生類と異なり、陸上で生活できるようになりました。

また、カメは脊椎動物の中でも、珍しい骨格の持ち主です。前肢を動かすための肩の骨が肋骨の内部についていることで、このような構造は他の脊椎動物には見あたりません。