藤井家は慶長年間(初代九左衛門)以来、黒田藩の馬廻方を勤め、500石を賜っている。維新後、父の藤井一寛(同墓)は福岡荒戸町から粕屋郡小野村谷山に帰農した。
福岡県出身。一寛の長男。修猷館から五高を経て、1909(M42)東京帝国大学文科大学史学科卒業。明治維新史や国史を専攻。大学院に進み「徳川季世史」を研究。渋沢編纂所で『徳川慶喜公伝』編纂に加わり従事。'14(T3)同郷の金子堅太郎が副総裁を務めていた文部省維新史料編纂事務局員に招かれ史料編纂に携わり、'19文部省維新史料編纂官。維新史料の編纂に30余年従事し、従三位に叙せられた。
この間、'24吉野作造(8-1-13-18)が初代会長を務めていた明治文化研究会に参画し、尾佐竹猛らと『明治文化全集』の編集にも参加した。京都帝国大学、九州帝国大学、東北帝国大学にて講師として明治維新史を講じた。著書に『明治維新史講話』(1926)、『日本憲法制定史』(1929)などがある。
'45文部省の資料編纂の職を退官。戦後、実践女子大学の前身の実践女子専門学校教授に就任。実践女子専門学校、実践高等女学校、実践第二高等女学校の校長も務めた。'49法政大学文学部教授に就任。'58停年退官で名誉教授。'52開国百年記念文化事業会常務理事となり、『明治文化史』『日米文化交渉史』を手掛けた。日本歴史地理学会会長、日本近代史学会初代会長も務めた。明治維新史・立憲政治史の権威。享年75歳。